Hvordan sette opp systemet for databehandling
De tre hovedpakkene i produksjonsapparatet er orgdata
(aggregering av originalfiler), khfunctions
(lager filgrupper og kuber) og KHvalitetskontroll
.
1. Installere R, Rstudio og sette opp Git
For å installere pakkene må du først installere R (v4.3.0) og RStudio, som du finner i Firmaportal. Du må også installere Git (versjonskontroll) fra Firmaportal, og sette dette opp i RStudio (Global options).
3. Sette encoding
Fra og med R versjon 4.2 ble det innført en endring i encoding, som gjør at norske bokstaver ikke leses korrekt. Vi må derfor sette encoding manuelt. For at dette skal skje automatisk når du bruker R, kan dette med fordel legges direkte i .rprofile
som er et script som kjøres ved oppstart. For å redigere denne kan du skrive følgende i konsollen:
usethis::edit_r_profile()
I dokumentet som åpnes legger du til følgende, og lagrer dokumentet: Sys.setlocale("LC_ALL", "nb-NO.UTF-8")
R-prosjektene som brukes i produksjonsapparatet har egne .rprofile-filer, der dette er håndtert.
2. Installere pakkene
Før installering, sjekk at du ikke er i et prosjekt. Ellers må du først stenge prosjektet ie. Close Project
.
Kjør følgende kode for å installere alle pakker og sette opp mappestruktur:
source("https://raw.githubusercontent.com/helseprofil/misc/main/ProfileSystems.R")
ProfileSystems()
Dette vil opprette mappen C:/Users/Navn/helseprofil
. Underprosjektene blir lagret i egne mapper i denne.
Dersom du ønsker å ha prosjektene et annet sted kan du spesifisere argumentet path
:
source("https://raw.githubusercontent.com/helseprofil/misc/main/ProfileSystems.R")
ProfileSystems(path = "Din/favoritt/mappe")
- Standard path blir
C:/Users/DittBrukernavn/helseprofil
hvis argumentpath
ikke er spesifisert.
Installere spesifikke deler av systemet
ProfileSystems()
har argumenter som kan brukes for å bare installere spesifikke deler av systemet. Sett da all = FALSE
, og endre de delene du vil installere/oppdatere til TRUE
.
ProfileSystems(all = FALSE,
packages = FALSE,
norgeo = FALSE,
orgdata = FALSE,
khfunctions = FALSE,
KHvalitetskontroll = FALSE)