Hvordan sette opp systemet for databehandling

De tre hovedpakkene i produksjonsapparatet er orgdata (aggregering av originalfiler), khfunctions (lager filgrupper og kuber) og KHvalitetskontroll.

1. Installere R, Rstudio og sette opp Git

For å installere pakkene må du først installere R (v4.3.0) og RStudio, som du finner i Firmaportal. Du må også installere Git (versjonskontroll) fra Firmaportal, og sette dette opp i RStudio (Global options).

3. Sette encoding

Fra og med R versjon 4.2 ble det innført en endring i encoding, som gjør at norske bokstaver ikke leses korrekt. Vi må derfor sette encoding manuelt. For at dette skal skje automatisk når du bruker R, kan dette med fordel legges direkte i .rprofile som er et script som kjøres ved oppstart. For å redigere denne kan du skrive følgende i konsollen:

usethis::edit_r_profile()

I dokumentet som åpnes legger du til følgende, og lagrer dokumentet: Sys.setlocale("LC_ALL", "nb-NO.UTF-8")

R-prosjektene som brukes i produksjonsapparatet har egne .rprofile-filer, der dette er håndtert.

2. Installere pakkene

Før installering, sjekk at du ikke er i et prosjekt. Ellers må du først stenge prosjektet ie. Close Project.

Kjør følgende kode for å installere alle pakker og sette opp mappestruktur:

source("https://raw.githubusercontent.com/helseprofil/misc/main/ProfileSystems.R")
ProfileSystems()

Dette vil opprette mappen C:/Users/Navn/helseprofil. Underprosjektene blir lagret i egne mapper i denne.

Dersom du ønsker å ha prosjektene et annet sted kan du spesifisere argumentet path:

source("https://raw.githubusercontent.com/helseprofil/misc/main/ProfileSystems.R")
ProfileSystems(path = "Din/favoritt/mappe")
  • Standard path blir C:/Users/DittBrukernavn/helseprofil hvis argument path ikke er spesifisert.

Installere spesifikke deler av systemet

ProfileSystems() har argumenter som kan brukes for å bare installere spesifikke deler av systemet. Sett da all = FALSE, og endre de delene du vil installere/oppdatere til TRUE.

ProfileSystems(all = FALSE,
               packages = FALSE,
               norgeo = FALSE,
               orgdata = FALSE,
               khfunctions = FALSE,
               KHvalitetskontroll = FALSE)