Oppstart

Hver gang prosjektet startes, vil setupfilen lastes fra GitHub. Denne laster ned alle funksjoner fra GitHub, slik at de er tilgjengelige for deg i environment (listen ser du i RStudio). Setupfilen sjekker også om det er gjort noen relevante endringer i prosjektet, f.eks. endring av pakkeversjoner, som du bør laste ned. Dette får du melding om dersom det er relevant.

For å sikre at du har siste versjon av funksjonene er det anbefalt å restarte (Ctrl + Shift + F10) prosjektet, og ikke la det stå åpent over lengre perioder ettersom du da vil fortsette å bruke innlastet versjon frem til neste gang du restarter.

Sepaafil

Filen sepaafil.R som ligger lagret lokalt kan være utdatert, og bør ikke brukes. En oppdatert versjon per 12.05.2023 ligger på github, og vil lastes ned enten ved å installere prosjektet på nytt eller ved å bruke git pull i Terminal-vinduet. Det skal stå øverst i filen at den er oppdatert 12.05.2023

LagFilgruppe

  • Selve funksjonen er uendret per mai 2023, og hovedfunksjonen som brukes er:
LagFilgruppe("FILGRUPPENAVN", versjonert = TRUE)
  • Etter overgang til R >= 4.2 er standard encoding endret. Filgrupper som er kjørt gjennom orgdata (f.o.m. versjon 1.4.7) vil ha UTF-8-encoding, og kan leses direkte i LagFilgruppe. Filer som ikke har gått gjennom orgdata må sannsynligvis leses med spesifikk encoding, spesielt om de inneholder ÆØÅ. I tabell INNLESING kan dette styres i kolonnen INNLESARG ved å legge til encoding="latin1".
  • Manheader kan brukes dersom norske bokstaver bare finnes i kolonnenavnene, men ikke dersom de også forekommer i radene (f.eks “DØD AV…”). Da må encoding-argumentet settes for at filgruppen skal bli riktig.

LagKUBE

Denne delen av produksjonsløypen er oppdatert per 12. mai 2023. Hovedfunksjonen som skal brukes er:

LagKubeDatertCsv("KUBENAVN")
  • Denne lagrer en ALLVIS-kube i KUBER/....HELSA/DATERT, en Kvalitetskontrollkube i KUBER/....HELSA/QC og access-specs ved kubekjøring i KUBER/....HELSA/SPECS.
  • I tillegg lagres det et objekt i RStudio som heter RESULTAT hvor du kan åpne de ulike elementene direkte i RStudio ved å skrive RESULTAT$ALLVIS og RESULTAT$QC.

Fildumper

For å lage fildumper må du først lage en liste over hvilke dumppunkter du ønsker, og hvilket format (“CSV”, “STATA”) disse skal være i. Deretter må du angi dette i filgruppe- eller kubekjøringen, som under:

dumps <- list() # Dette gir ingen dumper
dumps <- list(STATAPRIKKpre = "CSV", STATAPRIKKpost = "STATA", RSYNT_POSTPROSESSpost = c("CSV", "STATA"))
LagKubeDatertCsv("KUBENAVN", dumps = dumps)
LagFilgruppe("FILGRUPPENAVN", versjonert = TRUE, dumps = dumps)

Tilgjengelige dumppunkter i LagFilgruppe:

  • RSYNT_PRE_FGLAGRINGpre
  • RSYNT_PRE_FGLAGRINGpost
  • RESHAPEpre
  • RESHAPEpost
  • RSYNT2pre
  • RSYNT2post
  • KODEBOKpre
  • KODEBOKpost
  • RSYNT1pre
  • RSYNT1post

Tilgjengelige dumppunkter i LagKUBE:

  • raaKUBE0
  • maKUBE0
  • anoKUBE1
  • anoKUBE2
  • anoKUBE3
  • anoKUBE4
  • KUBE_SLUTTREDIGERpre
  • KUBE_SLUTTREDIGERpost
  • STATAPRIKKpre
  • STATAPRIKKpost # Rett før postprosess, kan brukes som postprosess-pre.
  • RSYNT_POSTPROSESSpost

TEST-branch.

Ved testing av ny funksjonalitet, må følgende kode kjøres for å bruke aktuell testversjon av funksjonene:

rm(list = ls())
source("https://raw.githubusercontent.com/helseprofil/misc/main/utils.R")
kh_source(repo = "khfunctions", branch = "NAVN PÅ TESTBRANCH", file = "R/KHsetup.R", encoding = "latin1")