Sette opp systemet

guide til å installere alle nødvendige pakker

Følg stegene under. Det er viktig at hvert steg fullføres før du går videre til neste!

1. Installere R, Rstudio, Rtools, Git og STATA

I Firmaportal, installer programmene:

  • R (minimum versjon 4.4.0)
  • Rstudio
  • Rtools (versjon 4.4, tilsvarende R-versjonen)
  • Git
  • STATA (trengs for å kjøre STATA-snutter)

2. Sette opp Git i RStudio

Åpne Rstudio og gå til Tools -> Global Options -> GIT/SVN. Sjekk at Enable version control er huket av og at git.exe-filen er angitt. Dette er viktig for å kunne synkronisere prosjekter og installere pakker som ligger på GitHub.

2b. Autentisering i git

Dette er bare aktuelt om du har behov for å laste opp endringer til GitHub. For å sette opp autentisering i GitHub, bruk følgende kode. Det kan være du må installere pakken usethis først.

usethis::create_github_token()

Dette tar deg til GitHub i nettleseren, hvor du kan sette opp en token som kobler din påloggingsinformasjon til RStudio. Denne må du kopiere. Deretter kjører du følgende i RStudio.

gitcreds::gitcreds_set()

Følg instruksjonene og lim inn koden fra GitHub.

3. Sette encoding (valgfri, men veldig nyttig)

Fra og med R versjon 4.2 ble det innført en endring i encoding, som gjør at norske bokstaver ikke leses korrekt. Vi må derfor sette encoding manuelt. For at dette skal skje automatisk når du bruker R, kan dette med fordel legges direkte i .rprofile som er et script som kjøres ved oppstart. For å redigere denne kan du skrive følgende i konsollen, og endre filen som åpnes. Det kan være du må installere pakken usethis først.

usethis::edit_r_profile()

I dokumentet som åpnes legger du til følgende, og lagrer dokumentet:

Sys.setlocale(“LC_ALL”, “nb-NO.UTF-8”)

4. Installere pakkene

I konsollen, kjør følgende kode for å installere alle pakker og sette opp mappestruktur:

source("https://raw.githubusercontent.com/helseprofil/backend/main/misc/R/install.R")
ProfileSystems()

Funksjonen gjør:

  • Oppretter mappen C:/Users/Navn/helseprofil. Denne er viktig da den brukes til å lagre midlertidige filer lokalt på den PCen som gjennomfører databehandling.
  • Oppretter R-prosjektet produksjon, som inneholder brukerfiler for de ulike delene av produksjonsapparatet.
  • Installerer alle nødvendige pakker, inkludert våre lokale pakker norgeo, orgdata, qualcontrol

Etter installasjon kan du finne mappen produksjon i filbehandleren (eller via RStudio) og åpne filen produksjon.Rproj. Når du først har åpnet den vil du finne den i prosjektlisten oppe til høyre i RStudio.

Dersom du ønsker å ha prosjektene et annet sted enn i helseprofilmappen kan du spesifisere argumentet path

source("https://raw.githubusercontent.com/helseprofil/backend/main/misc/R/install.R")
ProfileSystems(path = "Din/favoritt/mappe")

For utviklere

Du må først gjøre stegene over for å installere alle nødvendige R-pakker.

Skal du bidra til utvikling av databehandlingssystemet trenger du tilgang til alle relevante underprosjekter. Disse kan klones ved å bruke følgende funksjon. Dersom du setter getupdates = TRUE vil den også oppdatere prosjekter du allerede har installert.

source("https://raw.githubusercontent.com/helseprofil/backend/main/misc/R/install.R")
DevelopSystems(path = "Din/favoritt/mappe", getupdates = FALSE)

Dette installerer følgende prosjekter:

  • produksjon
  • backend
  • norgeo
  • orgdata
  • khfunctions
  • orgcube (foreløpig navn på pakke som skal erstatte khfunctions)
  • qualcontrol
  • manual

De ulike prosjektene inneholder ulike deler av produksjonsapparatet, og synkroniseres med GitHub.